ИНТЕГРАЦИЯ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ ДЛЯ 3D-РЕКОНСТРУКЦИИ ТКАНЕЙ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ОПТИКО-ЗОНДОВОЙ НАНОТОМОГРАФИИ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Задача 3D-реконструкции тканей на уровне клеток и их компонентов – неотъемлемая часть современных биомедицинских исследований. Разработка методов 3D-реконструкции на основе изображений атомно-силовой и оптической микроскопии позволит получить более детальное представление о морфологии и структуре биологических объектов на наноуровне. В настоящей работе мы интегрировали специальное программное обеспечение в методику оптико-зондовой нанотомографии (ОЗНТ) для оптимизации и унификации процесса объемной реконструкции и продемонстрировали возможности усовершенствованного метода на 3D-реконструкции фрагмента астроцита. Интеграция программы 3D Slicer в методику ОЗНТ обеспечивает надежную и высокоточной платформу для 3D-реконструкции сложных биологических объектов. Предложенная методика имеет прикладную значимость для решения частных задач, например, оценки синаптического окружения отдельных нейронов, а также для широкого круга исследований в областях биомедицины и материаловедения.

Об авторах

Д. О Соловьева

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: d.solovieva@mail.ru
Россия, Москва

О. Я Попадинец

ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

И. С Колпашников

ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

А. В Алтунина

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; ФГАОУ ВО “Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)”

Россия, Москва; Россия, Долгопрудный

В. А Олейников

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

Список литературы

  1. Jacquemet G., Carisey A.F., Hamidi H., Henriques R., Letterrier C. // J. Cell Sci. 2020. V. 133. P. jcs240713. https://doi.org/10.1242/jcs.240713
  2. Mochalov K.E., Korzhov D.S., Altunina A.V., Agapova O.I., Oleinikov V.A. // Act. Nat. 2024. V. 16. P. 14–29. https://doi.org/10.32607/actanaturae.27323
  3. Solovyevа D.О., Altuninа А.V., Tretyak M.V., Mochalov К.Е., Oleinikov V.А. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2024. V. 50. P. 1215–1236. https://doi.org/10.1134/S1068162024040356
  4. Mochalov K.E., Chistyakov A.A., Solovyeva D.O., Mezin A.V., Oleinikov V.A., Vaskan I.S., Molinari M., Agapov I.I., Nabiev I., Efimov F.E. // Ultramicroscopy. 2017. V. 182. P. 118–123. https://doi.org/10.1016/j.ultramic.2017.06.022
  5. Агапова О.И., Ефимов А.Е., Мочалов К.Е., Соловьева Д.О., Гилева А.М., Марквичева Е.А., Яковлев Д.В., Люндуп А.В., Олейников В.А., Агапов И.И., Готье С.В. // Доклады РАН. Науки о жизни. 2023. Т. 509. С. 119–123. https://doi.org/10.31857/S2686738923700178
  6. Агапова О.И., Ефимов А.Е., Мочалов К.Е., Соловьева Д.О., Свирщевская Е.В., Климентов С.М., Попов А.А., Олейников В.А., Агапов И.И., Готье С.В. // Доклады РАН. Науки о жизни. 2022. T. 504. C. 219–222. https://doi.org/10.31857/S2686738922030027
  7. Balashov V., Efimov A., Agapova O., Pogorelov A., Agapov I., Agladze K. // Acta Biomaterialia. 2018. V. 68. P. 214–222. https://doi.org/10.1016/j.actbio.2017.12.031
  8. Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., Finet J., Fillion-Robin J-C., Pujol S., Bauer C., Jennings D., Fennessy F.M., Sonka M., Buatti J., Aylward S.R., Miller J.V., Pieper S., Kikinis R. // Magnetic Resonance Imaging. 2012. V. 30. P. 1323–1341. https://doi.org/10.1016/j.mri.2012.05.001
  9. 3D Slicer image computing platform. https://www.slicer.org/
  10. ImageJ. Image Processing and Analysis in Java. https://imagej.net/ij/index.html

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025